O grupo foi fundado em 1991, quando o programa se chamava Programa Especial de Treinamento e era mantido pela CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior). O primeiro tutor do PET EEL foi o professor Dr. Luiz Gonzaga de Souza Fonseca, quando o grupo contava inicialmente com apenas quatro bolsistas exclusivamente da Engenharia Elétrica e focava em projetos e palestras. Em 1996, a tutoria passou para o professor Dr. Jorge Coelho. Nesse segundo período, foi criado o CIPEEL (Ciclo de Cursos e Palestras da Engenharia Elétrica), que contava com a participação de empresas, departamentos e professores, e foi implantado o programa de qualidade 5S, metodologia usada para melhorar a organização dos ambientes de trabalho. Aconteceu também nessa época o projeto de extensão a Casa da Criança, de instrução de crianças carentes em assuntos de eletricidade e economia de energia, que daria origem ao projeto de Laboratório de Física, posteriormente. Em 1997, quando o programa estava na iminência de ser extinto pela CAPES, o PET EEL teve um papel fundamental na luta pela continuidade do programa, organizando um grupo de PETs da UFSC e convocando assembleias culminando com a ida de bolsistas até Brasília para manifestar-se a favor do programa. O programa foi mantido, porém em 1999 houve outra tentativa de extinção pela CAPES, quando houve nova mobilização, acontecendo por fim a transferência do agora chamado Programa de Educação Tutorial para a SESU/MEC (Secretaria de Ensino Superior do Ministério da Educação). Com o tempo, outros cursos foram incorporados ao PET EEL: Engenharia de Controle e Automação, em 1997, Engenharia de Produção Elétrica, em 2006, e Engenharia Eletrônica, em 2010.
