Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pekalongan atau IAIN Pekalongan (dulu Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pekalongan) adalah Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri di Pekalongan provinsi Jawa Tengah, Indonesia. IAIN Pekalongan didirikan berdasarkan pada Surat Keputusan Presiden Nomor 11 Tanggal 21 Maret 1997 bertepatan dengan Tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H. Pada tanggal 1 Agustus 2016 STAIN Pekalongan berubah statusnya menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pekalongan melalui Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 73 Tahun 2016.
