Istituita nel 1996, Fondazione Alma Mater è la fondazione in house dell’Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, che ne rappresenta l’ente di riferimento e ne guida l’azione nei diversi ambiti di attività. La Fondazione affianca l’Università di Bologna nella realizzazione dei suoi fini istituzionali, in particolare per quanto attiene la gestione di corsi professionalizzanti post-laurea: master, corsi di alta formazione e formazione permanente, summer e winter school. Il supporto della Fondazione all’Ateneo si estende inoltre all'organizzazione di eventi per conto di Dipartimenti e altre Strutture universitarie, oltre che a servizi amministrativo-contabili per progetti, centri di studio ed enti partecipati dell'Università di Bologna.
