L'ARS Nouvelle-Aquitaine pilote et coordonne le système de santé en région : pilotage des politiques de prévention et de promotion de la santé, de la veille sanitaire (alertes sanitaires) et de la santé environnementale, organisation des soins (médecine de ville et hospitaliers), prise en charge dans les établissements médico-sociaux (personnes âgées, handicapées ou personnes confrontées à des addictions). Elle est l'interlocutrice des professionnels de santé, des établissements de santé et des établissements médico-sociaux, des collectivités locales, des associations et de l'ensemble des acteurs de santé de la région.
