Warda BOUTEGRABET
Chercheur postdoctoral: histologie numérique appliqué pour le diagnostic des pathologies hépatiques at IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale- Claim this Profile
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Topline Score
Bio
Credentials
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Data Acquisition Using NI-DAQmx and LabVIEW
National InstrumentsAug, 2019- Oct, 2024 -
National Instruments Labview Core 1
National InstrumentsAug, 2019- Oct, 2024
Experience
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IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
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France
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Think Tanks
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1 - 100 Employee
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Chercheur postdoctoral: histologie numérique appliqué pour le diagnostic des pathologies hépatiques
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Mar 2022 - Present
- Développement des modèles de classification auto/faiblement supervisée. - Etude statistique (Python, Linux). - Utilisation d'un Framework de Deep Learning (PyTorch). - Présentations en réunion d’équipe - Développement des modèles de classification auto/faiblement supervisée. - Etude statistique (Python, Linux). - Utilisation d'un Framework de Deep Learning (PyTorch). - Présentations en réunion d’équipe
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PhD :Recherche de marqueurs spectraux prédictifs de la réponse thérapeutique dans le cancer collique
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Jan 2018 - Mar 2022
Inserm U1113, 'IRFAC' Interface de Recherche Fondamentale et Appliquée en Cancérologie, Strasbourg & 'EA7506 BioSpecT' Bio Spectroscopie Translationnelle, Reims. - Histologie spectrale multimodale combinant l'imagerie vibrationnelle (l’absorption infrarouge) appliqué sur des coupes tissulaires de cancer de colon humain et chimiometrie. - Réalisations des coupes histologiques de modéles morin (Xénogreffes), coloration H&E. - Acquisitions et collections des images spectrales sur des coupes tissulaires humains et xénogreffes grace à un spectromettre Spectrum Image. - Analyse des données spectrales en imagerie Infra rouge par implémentation des modèles mathématiques et spécifiques à l’étude effectuée (Modélisation) - Traitement des images "Matlab" - Présentations en réunion des deux équipes (L'unité de recherche BioSpecT ET l'unité U1113 d'IRFAC) - Formations des étudiants Master Biologie, Santé sur l'imagerie infrarouge et son application en santé. - Collaboration avec l'équipe de Bio Spectroscopie translationnelle de Reims (analyse du besoin, présentations, réunions d’échange, accompagnement). - Etude statistique (Matlab, Python). - Rédaction des articles scientifiques valorisant les résultats de mes travaux et le mémoire de thése. Ce projet de recherche a été accès sur deux volets de recherches: un premier volet de développement méthodologique qui vise à optimiser l'histologie spectrale IR plus particulièrement sur la détection automatique des pixels tissulaires et l'élimination des pixels non tissulaires due au milieu d'inclusion tels que paraffine/OCT. Un deuxième volet dont l'identification des marqueurs spectraux prédictifs de la réponse au traitement des cancers coliques humain, en utilisant une nouvelle approche de sélection de variable non supervisée basée sur les Algorithmes Génétiques combiné au clustering par KMeans. Show less
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Recherche de Biomarqueurs pour la quantification de la réponse de la RT du cancer de la prostate
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Feb 2017 - Jul 2017
- Développer des outils spécifiques de traitement d’images dites Radiomic, permettant de quantifier et d’évaluer les données d’Imagerie par Résonance Magnétique morphologiques et fonctionnelles dans le but de prédire une récidive biochimique précoce de cancer de la prostate après traitement par radiothérapie, et prédire les effets secondaires sur la toxicité de la glande prostatique. - Imagerie par Résonance Magnétique morphologique et fonctionnelle - Analyse des images IRM et extraction des caractéristiques pertinentes pour la classification en utilisant la radiomic et l'analyse en composante principales (ACP). - Développement des modèles de classification supervisée de type Vecteur à Support Machine (SVM). - Etude statistique (Matlab, C++). - Présentations en réunion d’équipe - Rédaction de mémoire de stage. Show less
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Analyse d'images d'endo-microscopie confocale pour la gradation des lésions inflammatoires/tumorale
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Feb 2016 - Aug 2016
À partir des images d'endo microscopie confocale fournie, mes missions étaient de : - Développer un outil d'analyse d'image basé sur l'extraction des descripteurs (features) statistiques, texture, saturation. La sélection des features les plus pertinentes via l’outil de réduction de dimensions (ACP) permet de filtrer les images qui ne peuvent pas donner lieu à une analyse quantitative (modèle de classification supervisé SVM binaire). -Mise en place d'un outil de diagnostic automatique de l'état pathologique des tissus basant sur l'approche graphe était proposé. L’algorithme retenu a été testé sur une base de données importante pour vérifier son potentiel d’indexation en fonction de l’altération du motif microvasculaire du tissu (inflammation, carcinome ou tissu sain). - Imagerie par endo microscopie confocale, modèle murin. - Analyse des images. - Développement des modèles de classification supervisée de type Vecteur à Support Machine (SVM) et analyse par Graphe. - Etude statistique (Matlab, FIJI ). - Présentations en réunion d’équipe - Rédaction de mémoire de stage. - Présenter les résultats de travail sous forme de poster lors de l'OptDiag 2016 Show less
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Utilisation de l'HOLOGRAPHIE numérique dans l'axe pour la détection /mesure des nanoparticules
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Apr 2015 - Jun 2015
Détection / mesure des nanoparticules (Sic, Si3n4) de faible concentration par holographie numérique dans l'axe : Acquisition des images des bulles d'air contiennent des nanoparticules diluées dans l'eau pure (hologrammes). Reconstruction des images réalisée via la transformée de Fourier fractionnaire, l'analyse était fait sous MATLAB. Mesure morphologique par microscopie conventionnelle dans le but de valider les résultats obtenus par l'approche d'holographie numérique était abordée. Détection / mesure des nanoparticules (Sic, Si3n4) de faible concentration par holographie numérique dans l'axe : Acquisition des images des bulles d'air contiennent des nanoparticules diluées dans l'eau pure (hologrammes). Reconstruction des images réalisée via la transformée de Fourier fractionnaire, l'analyse était fait sous MATLAB. Mesure morphologique par microscopie conventionnelle dans le but de valider les résultats obtenus par l'approche d'holographie numérique était abordée.
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Etudiante et Stagiaire
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Oct 2014 - Dec 2014
Une formation courte et initiale qui permet d'assimiler la conduite à tenir dans le cas d'un événement imprévu (accident, malaise...) pouvant mettre en danger la vie d'une personne. Une formation courte et initiale qui permet d'assimiler la conduite à tenir dans le cas d'un événement imprévu (accident, malaise...) pouvant mettre en danger la vie d'une personne.
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Abou Beker Belkaid University of TLEMCEN
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Higher Education
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100 - 200 Employee
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Développement d’une interface graphique pour l'aide au diagnostique
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Feb 2013 - May 2013
Muni-projet universitaire : a) Développement d’une interface graphique appliquée à la reconstruction des images Scanner, on utilisant transformée Fan Beam/ transformée de Radon sous MATLAB. b) Développement d’une interface graphique appliquée à l’amélioration et l'élimination de bruit de signal ECG sous MATLAB. Show less
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Acquisition et analyses d'images mammographies /scanner
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Dec 2012 - Feb 2013
Stage en interne au service Radiologie et Chirurgie Médicale occupant les taches suivantes : -Acquisition des images mammographies /Scanner -Analyse des images : amélioration de contraste/luminosité qui permet de bien interpréter leur aspects par Radiologue. Stage en interne au service Radiologie et Chirurgie Médicale occupant les taches suivantes : -Acquisition des images mammographies /Scanner -Analyse des images : amélioration de contraste/luminosité qui permet de bien interpréter leur aspects par Radiologue.
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Education
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2016 - 2017
UFR de médecine Caen
Master 2 imagerie Biomédicale, Imagerie médicale -
2015 - 2016
UFR des sciences et technique Rouen
Master 2 (M2), sciences Biomédicales, Cell Imaging with image processing as option -
2014 - 2015
Université de Rouen
Master 1 Imagerie Cellulaire -
2014 - 2014
Croissant rouge Algerien Tlemcen
Formation des Premiers Secours, Santé et bien-être, général -
2013 - 2014
university Abou bakr blkaid Tlemcen (Algerie )
Master 1 signaux et images en médecine, Génie biomédicale -
2010 - 2013
Université Aboubekr Belkaid
Licence, Génie Biomédicale, option:image et signal en biomédicale -
2010 - 2011
Direction de l'éducation Tlemcen ,Candidat libre
Bachelor of Science (B.Sc.), Sciences Expérimentale,Bac S
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