Sophie Mockly
Chercheuse postdoctorale at Institut de recherches cliniques de Montréal (IRCM)- Claim this Profile
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Anglais Professional working proficiency
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Espagnol Elementary proficiency
Topline Score
Bio
Experience
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Institut de recherches cliniques de Montréal (IRCM) / Montreal Clinical Research Institute
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Canada
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Research Services
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200 - 300 Employee
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Chercheuse postdoctorale
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Oct 2022 - Present
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Institut de Génétique Humaine
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France
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1 - 100 Employee
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Chercheuse postdoctorale
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Jan 2022 - Jun 2022
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Doctorante
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Sep 2017 - Dec 2021
Régulation réciproque entre les microARN et leurs cibles.Encadrant : Dr. Hervé SEITZQuantification de l’impact des microARN miR‑21 et miR‑34 sur la prolifération cellulaire dans différents modèles de lignées cancéreuses humaines.> Extraction d’ADN (cellules en culture), clonage moléculaire, PCR> Extraction des ARN totaux (cellules en culture et tissus), Northern Blot et manipulation de la radioactivité, RT‑qPCR et ddPCR (ARN totaux et microARN)> Culture de lignées cellulaires adhérentes, transfection par lipofection, fixation de cellules, coloration au DAPI, test de viabilité cellulaire> Conception des sgRNA, test d’efficacité des sgRNA, sélection et génotypage de clones cellulaires> tri ”single‑cell” et ”purify” par cytométrie de flux et analyse des cellules (GFP, Annexin‑FITC/PI)Développement d’outils bio‑informatiques :- de prédiction des sites de complémentarité ARN:microARN entrainant la dégradation du microARN par TDMD.- de quantification des variants non-canoniques de miARN à partir de données small RNA‑seq.- de sélection de siARN contre SARS‑Cov2.> Utilisation d’un serveur de calcul, collecte de données haut‑débit (NCBI, miRBase, UCSC, GISAID), contrôle qualité et analyse de données RNA‑seq et small RNA-seq disponibles (NCBI SRA) ou générées par le laboratoire, programmation en Bash, Perl et R, utilisation du ViennaRNA Package> Extraction des ARN totaux (neurones primaires), RT-ddPCR (ARN totaux et microARN), RLM-5'-RACE, knock‑down par dCas9‑KRAB> Co‑inventeur du brevet n°WO2021185766> Communication scientifique des résultats en anglais- Posters (congrès nationaux et internationaux)- Séminaires (congrès nationaux)- Articles scientifiques dans des revues à comité de lecture (1 article de revue et 1 article de résultats) > Enseignement (64h/an) à la Faculté des Sciences de l'Université de Montpellier en Génétique et Bio‑informatique> Encadrement de stagiaires niveau M1 (3 mois) Show less
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INRAE
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France
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Research Services
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700 & Above Employee
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Assistante de recherche
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Jan 2017 - Jun 2017
Existe-t-il une association génétique entre la sensibilité aux mammites et la sensibilité aux endométrites dans les lignées ovines sélectionnées ? Encadrant: Dr. Olivier SANDRA > Analyse de données RNA-seq : exploration des profils transcriptomiques par ACP ou HC (logiciel R), sélection des gènes différentiellement exprimés (package DESeq2, logiciel R), analyse fonctionnelle in silico par enrichissement de ''Gene Ontology terms'' (DAVID, GSEA, IPA) > Dissection d'endomètres, extraction d'ARN totaux à partir de tissus, RT-qPCR (SYBR Green) > Présentation des analyses statistiques à un public de biologistes/vétérinaires Show less
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INRAE
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France
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Research Services
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700 & Above Employee
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Assistante de recherche
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May 2016 - Jul 2016
Quel est l'impact de l'ARN long non-codant lncDHCR24 sur la lipogenèse de la poule à chair ? Encadrante : Pr. Sandrine Laguarrigue > Rédaction d'un protocole de knock-out par CRISPR-Cas9 > Conception des vecteurs plasmidiques, culture cellulaire (lignée HuH-7), transfection par Lipofectamine > Extraction des ARN totaux (Trizol), RT-qPCR (SYBR Green) > Conception de sgRNA pour le knock-out du locus d'intérêt (CRISPOR), analyse statistique des données de RT-qPCR (logiciel R) Show less
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University of Guelph
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Canada
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Higher Education
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700 & Above Employee
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Assistante de recherche
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Sep 2015 - Feb 2016
Conception de vecteurs plasmidiques adaptés à différentes problématiques et assistance des membres de l'équipe dans leurs projets scientifiques. Encadrante : Pr. Annette Nassuth > Cultures bactériennes (E. coli et A. tumefaciens), transformation bactérienne, construction de vecteurs plasmidiques, mutagenèse dirigée par PCR > Analyse et comparaison de séquences nucléiques, conception d’amorces oligonucléotidiques > Création d'un macro ImageJ pour l'analyse automatisée de tissu foliaire > Entretien hebdomadaire des plants de tabac et de vigne Show less
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Education
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Université de Montpellier
Doctorat, Génétique et Biologie Moléculaire -
Université de Rennes I
Master 2, Sciences cellulaires et moléculaires du vivant -
Agrocampus Ouest
Diplôme d'Ingénieur Agronome, Spécialité Sciences cellulaires et moléculaires du vivant -
Classe Préparatoire aux Grandes Ecoles BCPST (Agro-Véto)
Biologie, Chimie, Physique et Sciences de la Terre -
Lycée Jean Moulin
Baccalauréat Scientifique, Option Européenne Anglais - Mathématiques