Experience

Evamed

• France
• Medical Equipment Manufacturing
• 1 - 100 Employee

• Responsable informatique

  • Mar 2018 - Present

  Hérouville-Saint-Clair, Normandie, France Developpeur Full Stack, Gestion du service informatique et de la R&D informatique.



Centre François Baclesse

• Bioinformaticien NGS

  • Sep 2014 - Mar 2018

  Caen Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet l’analyse de panels de gènes générant une quantité importante de données en une seule expérience. Dans le cadre d’un laboratoire à visée diagnostique, la fréquence des analyses est telle que les outils de base ne correspondent plus aux besoins et aux exigences de qualité. Dans ce cadre : - Je participe à l’optimisation de la base de données des variants du laboratoire de + de 3000 patients. - Je réalise une couche… Show more Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet l’analyse de panels de gènes générant une quantité importante de données en une seule expérience. Dans le cadre d’un laboratoire à visée diagnostique, la fréquence des analyses est telle que les outils de base ne correspondent plus aux besoins et aux exigences de qualité. Dans ce cadre : - Je participe à l’optimisation de la base de données des variants du laboratoire de + de 3000 patients. - Je réalise une couche d’accès aux données sous forme d’une API web RESTFull permettant de contrôler la mise à disposition des données aux futures applications. - J’ai également participé à la récolte des besoins, à la rédaction du cahier des charges puis au développement d’un premier outil, client de l’API, pour faciliter la validation des variants et l'exploration de données. Ce projet s’inscrit dans le cadre du projet "INCa - Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique en cancérologie", prévu sur 30 mois. Outre les aspects informatiques de projet, il est nécessaire de préparer la mise à disposition des solutions bioinformatiques et des analyses développées et éprouvées au laboratoire. Pour cela : - Je dois préparer un environnement bioinformatique complet pour l’analyse NGS sous forme d’une machine virtuelle utilisable en local ou sur un cloud. - Je participe à un benchmark commun au projet pour caractériser des performances des analyses à partager - Je participe à la rédaction des documentations techniques et utilisateurs essentielle pour une diffusion réussie. Les technologies principales utilisées pour ce projet sont : - Django/Python - ExJS - Outils bioinformatiques. Show less



CHU Caen

• Data manager - Administrateur base de données clinico-biologique

  • Mar 2014 - Aug 2014

  Caen Mise en place d'une base de donnée clinico-biologique au sein du centre référent national sur le mésothéliome (labellisé par l'institut Nationale du Cancer). Les principaux challenges ont été : - L'identification des données disponibles dans les différents centres du réseau Mésopath. - L'extraction et l'uniformisation de ces données dans l'objectif d'une mise en commun. - La création et la mise en ligne d'un cahier de recueil de données électronique pour une saisie… Show more Mise en place d'une base de donnée clinico-biologique au sein du centre référent national sur le mésothéliome (labellisé par l'institut Nationale du Cancer). Les principaux challenges ont été : - L'identification des données disponibles dans les différents centres du réseau Mésopath. - L'extraction et l'uniformisation de ces données dans l'objectif d'une mise en commun. - La création et la mise en ligne d'un cahier de recueil de données électronique pour une saisie multi-centrique et maîtrisée des nouvelles données. Technologies principales utilisées pour ce projet : Talend et RedCap (http://project-redcap.org/) Show less



CHU Caen

• Data manager - Administrateur base de données

  • Feb 2011 - Dec 2013

  Région de Caen, France Data manager inter-région (CeNGEPS DIRC Nord Ouest), responsable de la mise en place d'applications permettant la gestion de données liées à la recherche clinique au CHU de Caen et de Rouen. Développement de l'outil de gestion et d'exploitation de données PRINCEPS. Gestion de projet informatique, Développement web (Dojo toolkit, Zend), migration / intégration de données (Talend)...



GENFIT

• France
• Biotechnology
• 100 - 200 Employee

• Bioinformaticien

  • Sep 2008 - May 2011

  Membre de l'équipe microarray - Participation aux analyses statistiques de données transcriptomiques - Développement bioinformatique en relation aux analyses (R) et gestion des données transcriptomiques (Perl) - Intégration de données (Talend, Taverna, SOAP/REST) - Évaluation, installation d'outils bioinformatiques - Support utilisateurs

• Apprenti-Bioinformaticien

  • Sep 2006 - Oct 2008

  - Mise en place d'un outil de gestion et d'analyse de données transcriptomiques - Participation aux analyses statistiques de données transcriptomiques



INSERM

• France
• Research Services
• 700 & Above Employee

• Stagiaire

  • Mar 2005 - Jul 2005

  Etude transcriptomique de foies cirrhotiques (Stage en paillasse, utilisation et analyse de MacroArray)