David Medina

Assistant Professor at Universidad de Magallanes
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Santiago, Santiago Metropolitan Region, Chile, CL

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Experience

    • Chile
    • Higher Education
    • 300 - 400 Employee
    • Assistant Professor
      • Jan 2023 - Present

      Como profesor asistente, brindo soporte en clases del programa de Magíster en Bioinformática y en la carrera de Ingeniería en computación, de la Universidad de Magallanes, dando los ramos relacionados con ciencia de datos. Además, de apoyar líneas de investigación bioinformática y multidisciplinarias, así como también llevar la línea de machine learning y sistemas predictivos orientados al diseño de proteínas con propiedades deseables, con foco en el diseño de métodos predictivos, la construcción de estrategias de representación y la elaboración de sistemas de diseño autónomo de proteínas. Show less

    • Investigador posdoctoral
      • May 2022 - Jan 2023

      Como investigador postdoctoral participé en el diseño e implementación de modelos predictivos vía métodos de machine learning y arquitecturas de deep learning orientados hacia el uso en ingeniería de proteínas. Aplicando desde modelos clásicos, como arquitecturas de deep learning, también enfocándome en métodos de procesamiento de datos y de representación numérica tanto como codificación como métodos de NLP.

    • Chile
    • Information Technology & Services
    • Data Science Researcher
      • Jul 2020 - Jan 2023

      Durante mi participación en WorldAlytics, participé en diferentes proyectos de ciencia de datos y desarrollo de software. Principalmente me centré en el diseño e implementación de sistemas ETL, manejo de GCP para consultas de datos, manejo de AWS para cargas de datos y posterior consultas. Desarrollo de metodologías para el estudio de mapeo de datos y trazabilidad de datos bancarios, implementación de plataforma con geolocalización y también generé y dicté cursos de especialización orientados hacia sistemas de clustering tanto en series de tiempo como en datos no relacionales. Show less

    • Chile
    • Higher Education
    • 700 & Above Employee
    • Investigador
      • Mar 2017 - Jul 2022

      Como investigador en la universidad de Chile, cursé mi doctorado, el cual se trató del diseño e implementación de métodos computacionales aplicados a la ingeniería de proteínas, teniendo como principal objetivo diseñar métodos de asistencia a las técnicas de diseño de proteínas vía machine learning-assisted directed evolution, o vía métodos de diseño racional. Todo con base en sistemas de machine learning, ciencia de datos y métodos de optimización. Como investigador en la universidad de Chile, cursé mi doctorado, el cual se trató del diseño e implementación de métodos computacionales aplicados a la ingeniería de proteínas, teniendo como principal objetivo diseñar métodos de asistencia a las técnicas de diseño de proteínas vía machine learning-assisted directed evolution, o vía métodos de diseño racional. Todo con base en sistemas de machine learning, ciencia de datos y métodos de optimización.

    • Chile
    • Research Services
    • 1 - 100 Employee
    • Asistente de investigación
      • Mar 2017 - Jul 2022

      Como asistente de investigación en CeBiB, participé en el diseño e implementación de DMAKit, una plataforma para acercar el machine learning a la comunidad biotec. Construí modelos predictivos aplicados a la biotecnología, participé en proyectos de modelamiento matemático relacionados con el sistema de control de glucosa-insulina, apoyé en el estudio datos biológicos obtenidos desde ensayos experimentales para comprender cambios ambientales y su efecto en organismos costeros. También participé en la construcción de una plataforma de prevención de delitos y sistemas conflictivos para la Universidad y colaboré en el modelamiento y métodos de estudio del SARS-CoV-2 Show less

    • United States
    • Research Services
    • 700 & Above Employee
    • Visit student research
      • Mar 2020 - Dec 2020

      Durante este proceso, construí modelos de predicción de afinidad de interacción entre enzima y sustratos vía métodos de machine learning, estrategias de embedding y la utilización de natural language processing. También participé en la elaboración de una estrategia de estudios mutacionales de proteínas, contemplando tanto el efecto termodinámico como filogenético y cómo la epistasis juega un rol clave para la selección de variantes.

    • Visiting Research Fellow
      • Mar 2020 - Dec 2020

Education

  • Universidad de Chile
    Doctor of Philosophy - PhD, Biomatemática, bioinformática y biología computacional
    2018 - 2021
  • Universidad de Talca
    Bachelor's degree, Bioinformática
    2011 - 2016

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