A Mectron foi fundada em 14 de fevereiro de 1991, tendo nascido em um momento em que o país, e em especial a cidade de São José dos Campos, passava por uma profunda crise. A empresa nasceu da associação de engenheiros oriundos das empresas e instituições de tecnologia do segmento aeroespacial de São José dos Campos. Apesar da situação de profunda recessão, a empresa procurou, desde o seu início, oportunidades nas áreas em que o conhecimento de seus especialistas,pudesse ser útil. Logo após a sua fundação a Mectron foi contratada pela DACM (atual DSAM), órgão da Marinha Brasileira então responsável pela escolha dos fornecedores para o programa de modernização das fragatas classe Niterói visando capacitá-las para a defesa anti-aérea contra ataques de mísseis voando a baixa altitude. Na época a Marinha tinha ofertas de três consórcios internacionais para a realização do trabalho, tendo sido sub-contratada à Mectron uma análise técnica de cada proposta, no sentido de determinar qual se adequaria melhor aos requisitos da Marinha Brasileira. Para a realização deste trabalho foi desenvolvido um software capaz de representar com realismo cenários de combate e toda a seqüência de eventos envolvidos, desde a detecção dos alvos, a designação das armas, o acionamento das contra medidas, o lançamento de mísseis de defesa e o disparo dos canhões, até a neutralização da ameaça ou seu eventual impacto na fragata. Paralelamente a empresa se esforçou na busca de outros clientes, com ênfase nas áreas de automação industrial e controle de tráfego veicular, nas quais prestou serviços a empresas como Jonhson & Jonhson e General Motors, além de desenvolver um controlador eletrônico de semáforos de baixo custo, posteriormente vendido a diversas cidades do estado de São Paulo, como Jacareí, Valinhos e São José dos Campos.
