Hospital San Francisco cuenta con siete niveles con la más completa Unidad de emergencias dando servicio las 24 horas del día, Laboratorio Clínico totalmente automatizado y amigable con el medio ambiente (ya que no se utiliza agua), Unidad de Radiología e Imágenes Diagnósticas (UNIRAD) con la única Resonancia Magnética de toda la Zona Oriental y paracentral de El Salvador de la marca Siemens, la cual posee la tecnología más avanzada en Centroamérica, Tomografía Axial Computarizada, Rayos “X” digitales, ultrasonografías convencional y Doppler color, Densitometría ósea.
