Pada bulan Oktober 2018, dilaksanakan Soft Opening Paviliun Bonaventura yang dipersembahkan untuk memenuhi kebutuhan kesehatan masyarakat yang lebih lengkap di daerah Jakarta Utara dan sekitarnya dengan tetap mengedepankan azas pendidikan, penelitian, dan keilmuan yang tinggi. Paviliun Bonaventura akan dilengkapi dengan Pelayanan Gawat Darurat, Ruang Perawatan mulai kelas Suite (VVIP), Deluxe (VIP), Superior (Kelas 1), Standard (Kelas 2), Kamar Operasi yang baru, Kamar Bersalin yang baru, ICU, PICU, NICU dan alat – alat diagnostik yang baru seperti MRI, Laparoskopi, CT Scan 128 Slice dan Cath Lab dengan tetap mengutamakan kualitas pelayanan yang terintegrasi untuk pasien. Pada 10 Juli 2019 dilaksanakan Grand Opening Rumah Sakit Atma Jaya yang merupakan awal dari semangat baru RS Atma Jaya dalam memberikan pelayanan prima. Pav. Bonaventura merupakan gedung berlantai 10 dengan kapasitas 125 tempat tidur, yang dilengkapi dengan building automated system, pneumatic tube system, hospital information system, e-MR dan e-resep. Dengan peralatan baru dan termodern, Pav. Bonaventura tersedia untuk memberikan pelayanan lebih prima dan profesional Di Paviliun Bonaventura ini Rumah Sakit akan membuka Klinik Unggulan berupa pelayanan di bidang Neuroscience, Orthopaedi dan Traumatologi serta Klinik Anak Sehat. Dengan adanya Paviliun Bonaventura ini Rumah Sakit Atma Jaya diharapkan dapat lebih banyak lagi memberikan pelayanan kepada pasien dari semua kelas dan tentunya tetap berlandaskan motto Bersatu Mengabdi Sesama, Andal Layan Peduli Hati. Sejak tahun 2019 sampai saat ini, RS Atma Jaya berada dibawah kepemimpinan dr. Shenny Nurmala, M.M. sebagai direktur utama.
